Năm 1528, đã có những thỏa thuận hôn nhân giữa Isabel và Quốc vương János I của Hungary, một đồng minh của Quốc vương Pháp, nhưng không thành công. Thay vào đó, ngày 16 tháng 8 năm 1532, Isabel kết hôn với Tử tước René I xứ Rohan. [2]

Isabel trở thành mẹ đỡ đầu của cháu trai Enrique III của Navarra, và chính Isabel đã mang đứa trẻ đến lễ rửa tội năm 1554. Isabel cũng sớm có thiện cảm với học thuyết Calvin, tuy nhiên Bà Tử tước không cải đạo khi chồng của Isabel, một tín hữu Công giáo, còn sống. Năm 1556, Isabel gặp Đô đốc Coligny, và hiện diện ở Béarn vào năm 1557 khi Nữ vương Joana III của Navarra thực hiện Cuộc Cải cách Tôn giáo ở Navarra. Isabel cải sang đạo Tin lành vào năm 1558, và Lâu đài Blain của bà đã trở thành trung tâm của đạo Tin lành trong khu vực. Cũng tại đây, Giáo hội Breton đầu tiên đã được thành lập. Tại Blain, Isabel cũng đã tiếp đón nhà cải cách Tin lành d'Andelot, người đã truyền giáo ở Nantes và thực hiện bài giảng Tin lành đầu tiên cùng với các nhà cải cách Fleurer và Loiseleur de Villiers. Năm 1560, Isabel được Quốc vương Pháp ban cho quyền tự do tôn giáo cho bản thân và gia đình trong phạm vi lãnh địa của bà.